员工与母公司签订劳动合同在子公司工作的情况下，存在一些特殊情况或例外情形会影响问题的处理：1.母公司或子公司存在违法行为，如未依法为劳动者缴纳社会保险。若母公司虽名义上缴纳社保，但存在未足额、未按时缴纳等违法情形，即使劳动合同有效，员工仍可要求母公司补缴社保、承担相应法律责任，同时可能影响员工的医保、养老等权益，甚至导致员工以此为由解除劳动合同并要求经济补偿。2.母公司将员工安排至子公司工作构成劳务派遣或借调但未遵守相关规定。如果母公司未与子公司签订劳务派遣协议或借调协议，或者员工的工作符合劳务派遣特征但母公司不具备劳务派遣资质，这种情况下的工作安排可能因违反劳务派遣相关法律规定而被认定为不合法，员工可能有权要求母公司或子公司承担相应责任，如子公司作为实际用工单位承担连带责任。3.子公司为外国企业在中国境内的分支机构且未取得合法用工主体资格。若子公司是外国公司在中国的代表处等不具备独立法人资格和用工主体资格的机构，员工与母公司签订劳动合同在子公司工作虽合法，但子公司不能直接作为用工主体承担责任，所有用工责任仍由母公司承担，这会影响劳动争议发生时责任主体的确定和维权对象的选择。
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员工与母公司签订劳动合同在子公司工作，可能存在以下法律风险点：1.事实劳动关系认定风险：如果员工在子公司工作时，接受子公司的直接管理，子公司直接发放工资（除母公司代缴社保外），且员工与子公司之间符合劳动关系的实质特征，可能被认定为与子公司存在事实劳动关系。例如，员工的日常工作由子公司安排，绩效由子公司考核，工资由子公司通过母公司账户发放，此时劳动仲裁委或法院可能认定员工与子公司存在事实劳动关系，进而影响与母公司劳动合同的履行及相关权益。2.社保缴纳主体与实际用工主体不一致的风险：虽然由母公司缴纳社保，但如果员工实际为子公司提供劳动，可能被社保行政部门认定为社保缴纳与实际用工不符，存在社保缴纳不规范的问题。例如，子公司未作为实际用工单位履行相应的社保责任，而母公司仅代缴社保，可能面临社保稽查和补缴要求，员工的社保权益也可能因此受到潜在影响。
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在员工与母公司签订劳动合同却在子公司工作的情况下，员工可能会出现一些错误操作，从而影响自身权益：1.忽视劳动合同的变更程序：若母公司要求员工长期在子公司工作，且涉及工作地点、岗位等重要事项变更，员工未要求与母公司签订书面变更协议，可能导致后续权益主张缺乏合同依据。例如，员工默认在子公司工作多年，后因待遇问题发生争议，却无法证明工作安排的合法性及待遇标准。2.混淆劳动关系主体：员工可能错误地认为在子公司工作就是与子公司建立了劳动关系，从而忽略了与母公司的劳动合同权利义务，比如向子公司主张未签订劳动合同的双倍工资，而实际上与母公司的劳动合同仍在有效期内，此主张可能不被支持。3.不重视证据留存：员工在子公司工作期间，不注意留存母公司安排工作的证据，如调动通知、与母公司的沟通记录等，当发生劳动争议时，难以证明与母公司存在劳动关系以及工作安排的合法性，可能导致维权困难。如果您已经出现类似错误操作或担心权益受损，建议尽快向律师咨询具体解决方案。
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员工与母公司的劳动合同有效，在子公司工作通常合法，这一结论有明确的法律依据。《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第三条规定：“订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。”本案中，员工与母公司签订劳动合同，双方主体资格合法，只要签订过程遵循了上述原则，合同内容不违反法律强制性规定，该劳动合同即具有约束力。员工在子公司工作，可视为母公司对员工工作地点的安排或工作任务的指派，只要这种安排未违反劳动合同的约定和法律规定，就不影响劳动合同的效力。因此，依据该法条，员工与母公司的劳动合同有效，在子公司工作的合法性基础在于劳动合同的约定和母公司的合法用工安排。

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